La tradition raconte que Tado, localité située près  du fleuve Mono, non loin d’Aplahoué au sud-ouest du Bénin, mais en territoire aujourd’hui togolais, fut à l’époque où il n’existait pas de frontières en Afrique, le berceau des peuples du Sud-Danhomey et du Togo méridional. Tado fut une cité royale d’où les descendants d’Agassou, fils de la princesse Aligbonon et d’une panthère mâle, et leurs partisans partirent en exil, après de profondes discordes, pour fonder plus tard le royaume d’Allada ou Ardra. À la mort du chef de cette première migration, la succession fut difficile. Lassés des querelles de succession, deux des princes, Awesu et Dogbali, décident de s’exiler et de laisser le trône à leur frère Kokpon. Le premier remonta vers le Sud-est dans la région de l’actuelle Porto-Novo et fonda le royaume d’Ajacè (lire Adjatchè) : « mon territoire Adja ». Il prit le nom de Tê Agbanlin. Quant au second, Do-Gbagli, il vint s’installer au pays des Guédévi, précisément à Houawé, près de la ville actuelle de Bohicon. Do-Gbagli mort, son fils Dako prit la succession au détriment de l’aîné Ganyéhessou. Mais Aho, surnommé Houégbadja, fils de Ganyéhessou, reprit le pouvoir et fonda le royaume d’Agbomè, où il bâtit son palais. Ses successeurs contribuèrent à tour de rôle à l’expansion des palais royaux qui, depuis le siècle dernier, s’étendent sur une superficie de 44 hectares. En raison de sa structure organisationnelle, le royaume d’Agbomè enregistra des succès parfois très éclatants, mais aussi des échecs quelquefois très humiliants notamment avec les Nagots de Kétou et d’Oyo au Nigéria. Cependant le royaume d’Agbomè finit par s’imposer et sa fougue guerrière inspirait la terreur aux peuples voisins, même après la conquête du royaume par les troupes françaises. Le palais de Simbodji, après l'incendie (gravure de 1895). Les ambitions de conquête protectorale des Français aboutirent à la guerre de résistance contre les troupes d’Agbomè. Le 17 novembre 1892, le drapeau français fut hissé sur le point culminant du palais de Singbodji (maison à étage du roi Guézo). Devant l’adversaire victorieux, le ordonna l’incendie général des palais pour leur éviter la profanation par des troupes françaises. C’est ainsi que de multiples richesses accumulées au fil des siècles disparurent en fumée. Embarqué sur un bateau pour aller rencontrer le président français, Béhanzin fut détourné en Martinique et déporté, loin de la terre sacrée de ses ancêtres qu’il a, pendant tout son règne, défendu avec bravoure et intelligence. Le prince Goutchili, son frère et général de l’armée de Danxomè pendant la guerre contre les troupes françaises, accepta de lui succéder pour sauver ce qui pouvait l’être encore de l’héritage ancestral. Goutchili fut intronisé roi du Danxomè par le gouvernement français le 15 janvier 1894 sous le nom fort de Agoli-Agbo. Agoli-Agbo fut le premier restaurateur des Palais royaux d’Abomey. Cependant, après avoir été évincé du trône, Agoli-Agbo connut le même sort que son prédécesseur. Il fut à son tour exilé au Gabon. Il faudra alors attendre l’administrateur Edmond Chaudoin en 1911 et surtout le gouverneur Reste, soutenu par le prince Justin Aho, petit-fils de Glèlè, pour connaître l’exécution d’importants travaux de restauration dans les palais de Guézo et de Glèlè. Un embryon de musée fut alors constitué. En 1938, le commandant du Cercle en était le conservateur officiel. En 1943, le Gouvernement général de l’AOF (Afrique occidentale française) décida de confier les palais royaux et le Musée historique à l’Institut français d'Afrique noire (IFAN). Un arrêté datant de 1944 confirme la tutelle de l’IFAN et crée le Musée. L’IFAN fut remplacé, après l’indépendance nationale, par l'Institut des recherches appliquées du Dahomey (IRAD) créé le 5 août 19611.